A paisagem botânica é constituída de campos limpos, quebrados pela presença de vegetação típica do cerrado e matas ciliares ou de galeria, com espécies florísticas de porte elevado, emaranhadas em diversas espécies de cipós, samambaias e xaxins, além de uma grande variedade de líquenes e fungos. Constitui-se em um magnífico espetáculo o observador, um conjunto de lapas e blocos rochosos, circundados por verdejantes campinas e insulados capões, tendo ao fundo o cavado do Rio Iapó, onde são comuns pequenos e grandes saltos e corredeiras de águas limpas, os quais, à luz do sol, mostram um brilho de ofuscante beleza. Entre as principais árvores encontradas nas matas da RPPN, citamos o frondoso pinheiro do Paraná, o ipê-amarelo, a peroba, o angico, entre outros. Observamos algumas variedades de cactos, vegetação típica da região da caatinga, além de espécies características de banhados. É de suma importância a conservação da flora existente na RPPN Itáytyba por abranger espécies características de diferentes biomas da Mata Atlântica, do Cerrado e da Caatinga.
